cppjunkie

попробуйте копнуть в сторону видеокарты, особенно если в ноутбуке nvidia

Ну я просто в отдельный раздел ставлю IDE всякие и прочее, например /data/Tools, чтоб не сносить его при переустановке системы и не засорять /home. Для удобства создаю ссылку ~/Tools => /data/Tools.

Docker тут непричём, просто в 18.04 при выполнении apt-add-repository автоматически выполняется apt update (apt-get update). Похоже что просто авторы ваших сторониих PPA-репозиториев забыли их обновить под новую версию Ubuntu. Можно просто пока закомментировать их в /etc/apt/sources.list.d (или удалить вообще).