Антон

Выгрузить все товары 1 запросом, спарсить весь файл Excel (лучше в csv) и уже потом проверять в цикле.

Группы мы не трогаем т.к. у группы может быть несколько предметов. Сделаем таблицу:
id (уникальный номер)
id_group (группа)
id_subjects (предмет)
id_day (день недели)
Могут быть и другие поля вроде нижняя/верхняя неделя.
Что-бы добавить группе предмет добавляете в таблицу нужные данные. Выборка простая, выбираем все на нужную дату по нужной группе. Или выбираем все по нужной дате и делаем расписание для всех групп на этот день недели.

Лучший способ это что-то делать. Когда появляются вопросы ты ищешь ответы на них. От одних книг пользы мало.
1) Делать нормальный полезный проект (хотя-бы для себя что-то)
2) Появился вопрос ищем ответ на него, тем самым повышая свой опыт
3) Читать разные статьи/форумы по PHP и MySQL. (на хабре проскакивают такие)
4) всегда иметь под рукой маны php/mysql (все знать не возможно)