Как правильно запустить сайты на nodejs?

Не совсем понял. Если сайты на PHP то как вы от него откажетесь?

Как работать с Ubuntu Server в виртуалке?

Docket image с Ubuntu + поставьте питон и ещё что нужно в образ. Создавайте с этого образа контейнер и прокиньте нужные порты и volumes. Файлы на локалке и в docker container будут одинаковыми.

Yii2. Как прокинуть константы из модели в форму в radiolist?

class Gender {
const MALE = ‘m’;
const FEMALE = ‘f’;
}

$activeForm->activeRadioList($model, $selectedValue, [‘’=>’-‘, Gender::MALE => ‘Male’, Gender::FEMALE => ‘Female’]);

Как запускать php на разных версиях Windows?

А вы не смотрели в сторону Docker-а?

Как делать обновление таблицы раз в секунду?

А зачем вообще делать обновление раз в секунду. Разве не можно рассчитать разницу во времени )

Почему возвращается 500 ошибка вместо 400 и 401?

Компоненты всегда будут кидать обычное исключение, так как не факт что надо будет их пихать в http ответ. К примеру symfony Response сможет установить правильный код ответа только если выброшено HttpException.
https://github.com/symfony/symfony/blob/4.3/src/Sy...

Не добавляет pdf файлы?

$query->bindValue(':content', $_ FILES ['userfile']['tmp_ name']); ??? Думаю тут сохраниться строка.