coer oathere

Я частенько мониторю всякие awwwards и там если чето проскакивает подобное мультам, то все сделано на этом:
www.pixijs.com
Всякие такие штуки например:
https://www.android.com/matyoushouldreadtommessages

Adobe Animate CC тоже выводит на Canvas, но я лично не в курсе как с тем кодом на выходе можно взаимодействовать.

pixi.js - правильное решение

Unity => WebGL
Three.js
Material.js
Crafty.js
В принципе - всё. Можно создавать всё что угодно.

Ну, вообще, тут надо решать, что использовать, в зависимости от анимации и сценария. Для некоторых типов анимации вполне можно было бы анимированный svg использовать, если что-то объёмное - то three.js, там есть даже встроенная возможность интерактивного воздействия с конкретными объектами..