todo.filter(item => {
return item.id !== id
})
filter возвращает массив только с теми элементами, для которых ф-ция, переданная в filter вернет true. Т.е она перебирает все элементы и для каждого запускает эту функцию. В вашем случае вы удаляете элемент из массива. Ф-ция, переданная в filter сравнивает id элементов массива с id для удаления. Если id элемента совпадает с id удаляемого элемента - будет возвращено false (item.id !== id) , и данный элемент не попадет в массив , который вернет filter.