Как решить ошибку Unable to serialize database?

Состояние таблиц в базе соответствует миграциям в текущей ветке?

Как установить модуль в Python?

Ставите в виртуальное окружение?

Почему лог journald в бинарном виде?

Это связано с тем, что господин Поттеринг пытался решить несколько проблем, некоторые из которых многие люди не считают проблемами. Простота подделки логов - одна из этих проблем. Я понимаю, что давать ссылку на стену текста вместо ответа - не очень хорошо, но лучше самого разработчика и правда никто на ваш вопрос не ответит.

Плохо ли создавать проекты с нуля? Что значит быть про?

//Типо ООП
$user->delete; // пользователь сам себя убивает - где здравый смысл ???

Мне кажется, что это именно, что "типа ООП". Это не проблема методологии, а просто плохой код. В реальном проекте я скорее встречу удаление пользователя как метод объекта-репозитория, например:
$userRepository->delete($user);

У объектно-ориентированного программирования как у методологии много проблем, но на мой скромный взгляд, они как правило связаны скорее с ограничениями конкретных языков, чем с самой идеей ООП. Если бы меня попросили одной фразой описать то, что я ненавижу в ООП, я бы сказал "излишняя многословность".