Ошибка в употреблении в условии WHERE:
WHERE
(prop2article.prop_id = 1 and prop2article.prop_value_id = 1)
AND
(prop2article.prop_id = 2 and prop2article.prop_value_id = 3)
Нужно
WHERE
(prop2article.prop_id = 1 and prop2article.prop_value_id = 1)
OR
(prop2article.prop_id = 2 and prop2article.prop_value_id = 3)
Через INNER JOIN вы получили вот такие записи:
| article.id | article.name | prop2article.id | prop2article.prop_id | prop2article.prop_value_id | prop2article.article_id |
| 1 | Футболка | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 1 | Футболка | 2 | 1 | 2 | 1 |
| 1 | Футболка | 3 | 2 | 3 | 1 |
…
В каких из этих записей есть и цвет и размер? Есть только цвет такой-то или размер такой-то.