cherry_secret

Через костыль можно так:

<div class="popup">
<iframe class="popup__video" </iframe>
</div>

const video = document.querySelector('.popup__video');
const popup = document.querySelector('.popup');

при открытии попапа: popup.appendChild(video);
при закрытии: video.remove();

Все абсолютные и z-index - ом менять.

<div style='position:relative;'>
  <div style="position:absolute; width: 800px; height: 800px; background-color: black;"></div>
  <div style="width: 500px; height: 500px; background-color: red; position: absolute; z-index: 2;">
  </div>
</div>