Можно установить phpmyadmin через apt-get, и установить ссылку на него ln -s в корень сайта
или скачать и загрузить в нужное место, но тогда в конфиге nginx нужно указать все данные для этой папки, пример location ~ /phpmyadmin { индексный файл, настройки php, обычная настройка без единой точки доступа... }, в первом варианте это делать не нужно, phpmyadmin откроется так
