Тимур Рамазанов

> Или есть лучше вариант?
Вставить html строкой в поле объекта json.

По первому вопросу: https://phinx.org/

По второму вопросу: если это критически необходимо - дробить проект (и код соответственно) на подпроекты.
Отдельно админка, отдельно сайт, отдельно какое нибудь внутренее апи с математикой итд.