2 варианта.

1. mytop(аналог show full processlist;)

Если запрос очень быстро обрабатывается, можно включать перед запросом:

mysql -p
SET global general_log = 1;
###выполняем запрос###
SET global general_log = 0;

Потом смотрим где у вас general log.
Например /var/lib/mysql/server.log
или может оказаться /var/log/mysql.log

Удачи! :)