2 варианта.
1. mytop(аналог show full processlist;)
Если запрос очень быстро обрабатывается, можно включать перед запросом:
mysql -p
SET global general_log = 1;
###выполняем запрос###
SET global general_log = 0;
Потом смотрим где у вас general log.
Например /var/lib/mysql/server.log
или может оказаться /var/log/mysql.log
Удачи! :)