А теперь суть вопроса. Появилась возможность и даже приглашение (не влияет, по сути, ни на что, но послужило поводом) продолжить обучение в магистратуре по профилю фотограмметрия/геоинформационные системы.
Отклонить и забыть. Можно было бы рассмотреть, если бы это не в России было. Есть инженерное образование -- это прекрасно. Больше уже не так важно для большинства программистов.
Алгоритмы, структуры данных, паттерны проектирования, понимание архитектуры, опыт разработки ПО и умение общаться с командой - да.
Всё верно, инвестировать время в эти навыки куда как выгоднее для программиста. Я бы единственное добавил больше социальных навыков, чем просто умение общаться с командой. Ну и английский язык разумеется: чем выше уровень разговорного и письменного английского, тем лучше.