Работал с Bacula и Amanda. Так как не используется ленточных устройств, в вашем случае они избыточны. Я бы написал скрипт с использованием rsync, для файлов и Web. И бекапил базы средствами СУБД. Для отслеживания веб сервер не самое удобное решение, я пришел к выводу, что через некоторое время перестаешь заходть на него. Пробывал отправлять себе полный лог на почту, эффект тот же. Теперь скрипт мне отправляет одно сообщение в день, на почту/jabber примерно такого вида:
gdi COMPLETED ARCHIVELOG 04-02-2014 07:00 - 04-02-2014 07:01
nod COMPLETED ARCHIVELOG 04-02-2014 08:00 - 04-02-2014 08:00
Слово Failed бросается в глаза, потом уже смотрю логи.