1. Вообще докер не для этого. Для того, что вы описали, лучше использовать виртуальную машину.
1.1 Один процесс - один контейнер. Отдельно пакуете apache, mysql, каждую версию php, и в docker compose всё оборачиваете. Git и systemd в контейнере не нужны. Докер сам как systemd.
1.2 Упаковать можно что угодно, но см. выше
2. Скорее наоборот, файлы, лежащие на хост-системе, пробрасываются в докер
3. Не будет, если ресурсы не ограничивать
