Владимир Муковоз

Вот так

if ($request_uri ~ ^/index.(html|php)) { rewrite ^.*$ / permanent; }

Если в папке /var/backup/site/ находятся только папки с годами и удалять нужно именно по названию папки, а не по дате модификации, то вполне подойдёт такой вариант
rm -rf $(ls /var/backup/site | head -1)
Если боитесь сразу выполнять, попробуйте что выдаст Вам команда
ls /var/backup/site | head -1
Что она выдаст, то и будет удалено. Но будьте аккуратны с написанием скриптов автоматически удаляющих бэкапы, с логикой прогадаете и все бэкапы удалены)

Я писал скрипт который удаляет ежедневно самый старый бэкап перед тем как создаётся новый, но если в Вашем случае вы удаляете целиком год, то не проще ли ручками удалить. Раз в год можно и замараться) Другое дело если это процесс ежедневный как в случае в котором привёл я)

Настраиваешь виртуальный хост в апаче(хотя я не его сторонник, просто в дано был он) и проксируешь трафик на виртуалбокс. Профит.
https://httpd.apache.org/docs/2.4/mod/mod_proxy.html

Проверять refer, если не твой значит доступ запрещён)

Всё проще простого и тем более уже описано в документации
https://nginx.ru/ru/docs/http/ngx_http_proxy_modul...

location /one/ {
            rewrite    ^/one/$ /$1 break;
            proxy_pass http://ipone:portone;
            proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
        }
location /two/ {
            rewrite    ^/two./$ /$1 break;
            proxy_pass http://iptwo:porttwo;
            proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
        }

Ubuntu тут не причём, нужно корректно конфигурировать виртуальные хосты и базовую настройку nginx. Без содержимого файла /etc/nginx/nginx.conf и всех файлов в папке /etc/nginx/sites-available конкретнее в чём проблема сказать сложно.