jar/war — это не просто исполняемый файл приложения, это «пакет» приложения. По аналогии с apk, msi, deb и т.п.
Помимо собственно исполняемого кода, jar, будучи обычным zip-архивом, может содержать ресурсы, библиотеки, дескрипторы, манифесты и любые другие файлы, которые понадобятся приложению или системе, которая его использует.
И, как уже было замечено, приложение в таком формате должно работать на разных платформах.
