>есть ли какой-то API для добавления например 1000 позиций виртуальных товаров?
Можно использовать Application Loader в iTunes Connect. Что это такое можете нагуглить.
>Существует ли возможность создать виртуальный товар с ценой не из Pricing Matrix?
Нет
>И можно ли продавать виртуальные товары не через In-App Purchase, и какие есть варианты?
Только те, которые нельзя продать через InApp по EULA. Например, так можно продать реальные товары (так как их нельзя продать через in-app), но нельзя разлочить фунционал в приложении.
