Немного ненужного ответа:
Я думаю, что папку tmp ты можешь очистить точно, если хостинг под никсами.
Всякие логи тоже почисть и почту.
Иногда может вполне прилично освободиться места.
А всё остальное всё равно может быть хитро, но задействовано.
Тут уже надо аккуратно.
Как бы автоматизировать этот процесс подсказать уже не могу.
