Как злоумышленник проникает на сервер?

весло то, что автор вопроса убежден в том, что его сообщение будет просканировано каким-то суперсканнером, который идентифицирует дыру в безопасности и выдадут решение... но в изначальной формулировке запроса (и в последующих ответах на комменты автора) сказано про голый php mySQL и PHPMyAdmin, потом еще, как я понял вылазит NGINX и я убежден что это далеко не все... Ваши догадки про скрипт создающий страницы - весьма сложная схема, и если, на этом сервере не крутятся банковские приложения или биржа какая-то - такой способ весьма труднореализуемый, индивидуально. На счет логов ssh, я так и не понял в чем проблема? нельзя закрыть директорию для удаленных пользователей, а оставить доступ только физически авторизированному пользователю?