Алексей Бурайкин

Для начала отключите антивирус, у меня такое было из-за использования пакета Costura.Fody (добавляет зависимости как ресурсы основного exe) и антивируса Avast

Если нужно симулировать поведение пользователя - нажимать кнопки, вводить данные в поля - то можно обойтись WinAPI (получить хэндл окна и посылать команды через SendMesssage). Если нужно менять данные в памяти - то без отладчика никуда

Почему бы не сделать отдельной сборкой Singleton класс с серилизацией в XML? Настройки будут в едином файле с заданным именем, причем необязательно в той же папке, что и exe.