В дополнение к вышеприведенной схеме тематических каталогов могу посоветовать использовать рабочий стол в качестве папки загрузки. Его чаще приходится лицезреть, и, следовательно, весь накапливающийся на нем «мусор» чаще попадается на глаза, что является достаточно хорошим стимулом для своевременной уборки (очень быстро привыкаешь к очистке после окончания работы/дня).