строго говоря, это зависит от widget'а (библиотеки, используемой для написания гуя).
Например gtk до какой-то версии страдал такой болезнью. С qt когда-то были такие же проблемы.
Скорее всего без исправления исходного кода и перекомпиляции это никак не лечится кроме как сменой графической оболочки (вместо gnome поставить kde или наоброт).