babun.github.io
cygwin, всё есть.
Есть даже свой менеджер пакетов, что-то можно доставить. Для работы хватает более чем, единственное о чем скучаю - закладки в консоли.
В 3 версии не было никакой возможности управления через гуи, до Nagios 4 я не дотерпел - перешел на Zabbix.
Хотя не думаю что что-то изменилось с тех пор:)
Если хочется удобного управления - смотри в сторону zabbix - отличная штука.
Советую каждой группе выделить по контейнеру LXC и пусть внутри ковыряются, если нужны какие-то общие ресурсы - пробросить порты до нужных контейнеров.