Sergey

У макафи есть функция в антивирусе такая, он сам может монтировать диски выключенных виртуалок в ESX-е, проверять содержимое на вирусы и апдейтить базы сигнатур своего антивируса, если он установлен был внутри виртуалки.
У Trendmicro вообще есть антивирус для гипервизора, работает через VMSafe.

Из бесплатных хороши, на мой вкус, MS Security Essentials, Avast. Не вижу большого смысла платить за подобный софт, если нужен лишь базовый функционал.

Windows-компьютер без антивирусов

Я когда-то в похожих размеров небольшой конторе (~150 PC) применял eset. Был доволен как слон, уж больно админка у него нравилась и после тогдашнего пиратского КАВ компы стали работать как-то бодрее.
Философский вопрос про «лучший антивирус» даже не пытайтесь задавать, он бессмысленен. У каждого свои недостатки и достоинства, к то-то пропустит этот вирус, а кто-то другой. Ставьте все по очереди на небольшой группе ПК, смотрите на админки, на работу станций (разбейте на тест-группы сеть). По результатам теста будет видно, какие антивирусы больше совместимы с вашими ПК, ПО и пользователями.