MyISAM гораздо быстрее, и если не страшно потерять часть данных, то можно использовать его. НО… MyISAM блокирует всю таблицу при вставке — и при некоторой нагрузке может случиться неприятное — запросы встанут в очередь. Так что надо тестировать.
Лучше использовать хранилище данных в памяти — Redis, memcache — там проблем со вставками не будет. Но придется переписывать приложение, логика работы хранилищ в памяти совсем другая.
