Проблема решилась сама собой, когда я посмотрел, как ставится ОС на заводских NAS. К примеру Synology откусывает часть харда под себя. Попытался реализовать подобное - не особо вышло. Забил, решил, что лучше просто купить мелкий SSD под ОС, а порты можно и контроллером добавить