Несовпадение кодировок. Например,  батнике текст в 866 кодировке, а текущая (по умолчанию) кодировка консоли 1251. Вот и отображаются нечитаемые символы. 
В начале батника вставьте команду 
CHCP {кодовая страница}
Сам батник - тоже должен быть в той же самой кодировке, которая указана в этой команде.
Тогда кириллица будет корректно конвертирована.
Гарантированно корректный батник можно получить так:
	- Открываем окно консоли
 
- Устанавливаем какую-либо корректную кодовую страницу (например, 1251) командойCHCP 1251
 
- Даём команду COPY CON filename.BAT
 
- Набираем руками или копируем в консоль нужный код  с кириллицей. Но самой первой строкой набираем команду установки той же кодировки CHCP 1251
 
- Завершаем комбинацией Ctrl-Z - файл сохраняется 
 
Полученный таким образом файл создан в той же кодировке, в какой будет работать консоль в момент исполнения.