Специально для вас - MHDDFS. Это модуль файловой системы для FUSE, позволяющий объединить несколько обычных файловых систем в одну большую «виртуальную», которая будет содержать в себе не только все файлы объединённых ФС, но и всё их свободное место. Кроме того, в отличие от других подобных модулей, этот не ограничивает возможность записи на виртуальную объединённую ФС, а автоматически распределяет новые файлы по тем физическим дискам, где ещё есть свободное место.
Пакет доступен для Linux дистрибутивов (точно работает в Debian, Ubuntu)