Тоже задавался подобным вопросом, и нашел решение:
1) кликаете на расширение правой кнопкой
2) расширение может получать доступ к данным сайта...
3) при нажатии на расширение.

теперь приложение начинает работать на сайте, только когда вы на него нажимаете. версия хрома последняя.