bloster

Разобрался сам.

Нужно было добавить добавить строку контекста в обьект, в итоге получилось вот так

{
        from: `${PATHS.src}/**/*.php`,
        to: `${PATHS.dist}`,
        context: `${PATHS.src}/`
      },

Спасибо за ответ. Но это мне не помогло.
Видимо, была какая-та проблема у меня с vsftpd на сервере.

Я утром на чистую голову сделал все с помощью proftpd.
Помогла эта инструкция