Несколько лет пробую разные программы и пока под свои нужды подобрал только `The Brain 7` и `Nova Mind 5`, ибо есть возможность релятивных связей, если я правильно выразился. В том же `MindManager` это реализовано совсем уж неудобно («Relationship»), а лучшая реализация этого — в `The Brain 7`. Но пока тестирую его и посмотрю, удобен ли он в плане скорости. В `MindManager`'е мне нравилась скорость созидания, и особенно неплохой инструмент там — «Brainstorming», но часто приходилось отвелкаться на некоторые вещи — такие как более удобное размещение топиков, чтобы они помещались на экран, особенно на нетбуке (10.1").
Так что, если Вам нужна древовидная структура карт, то любой из попсовых вариантов Вам подойдёт. А вот в случае, когда нужно, чтобы объект (топик) мог быть дочерним не только одному объекту (топику, ага), то тут лучше `The Brain` пока не видел.
Ещё неплохо в `Nova Mind 5` организованы реккурентные связи, если я не туплю со значением этого термина. То есть, присутствует возможность устанавливать связи (Relationships) объекта с самим же собой (!!! такой фишки нет в MindManager при создании связи).
Ещё маркерная доска — неплохая вещь!
А вот ручка + ватман — имхо, не лучший вариант, ибо править невозможно, можно только зачеркнуть. Не говоря уже о смене мест «топиков».
Успехов Вам и Вашему мозгу, что бы Вы там ни затеяли )