Ecasound предлагает консольный режим. Поддерживается обработка звука, LADSPA эффекты, сведение мультитрека, и т.д.
В Pecl есть древняя обертка над Ecasound.
SoX — кроссплатформенная консольная утилита, позволяющая конвертировать аудиофайлы из формата в формат, а также обрабатывать звук различными эффектами. Есть эквализация, шумоподавление. Даже дисторшн есть. SoX feature list
