USB3 - скорость передачи информации до 5 Гбит/с в пике.
eMMC - скорость чтения на уровне 250 Мбайт/с, а скорость записи — на уровне 125 Мбайт/с
ИМХО - USB быстрее как минимум в 2-3 раза. Но это спецификация. Реальную скорость узнаете только проверив.
Ставьте - пробуйте.
Опять же все от дисков зависит. SSD - имеют примерно ту же скорость что и eMMC. так что может получиться что прироста не будет.