biomorf

А можно написать утилитку которая будет запускаться по шедулеру и удалять данные маленькими пачками, что бы не блокировать на долго работу базы.

Может просто увеличить количество шардов и использовать всё тот же TTL-индекс? Нагрузка на каждый шард должна снизиться.

Вместо JAXB можно попробовать Jackson JSON Processor