Здравствуйте, столкнулся с такой проблемой в шаблоне от TM, решил подправив контроллер по пути:
catalog\controller\extension\module\tm_megamenu.php
Нашел строчку которая создает ссылку для подкатегории в меню
$subcategories2_href = $this->url->link('product/category', 'path=' . $subcategories2[$l]['category_id']);
И немного ее переделав получилось это:
$subcategories2_href = $this->url->link('product/category', 'path=' .$subcategory['category_id']. "_" . $subcategories2[$l]['category_id']);
В стандартной теме не испытывал, но я думаю что можно сделать по аналогии