bildep

Вы пошли в правильное направление - реализация ограничения.
Вот код. Написал но не проверял. По идее должен работать. Переделал по быстрому по образцу с другого ограничения.

Подключение обработчика события:

$bxEventManager = \Bitrix\Main\EventManager::getInstance();

$bxEventManager->addEventHandler(
    'sale',
    'onSalePaySystemRestrictionsClassNamesBuildList',
    array(
        \Gricuk\Sale\Payment\Restrictions\ByMeasure::class,
        "onSalePaySystemRestrictionsClassNamesBuildList"
    )
);

Класс с ограничением:

<?php

namespace Gricuk\Sale\Payment\Restrictions;

use Bitrix\Catalog\MeasureTable;
use Bitrix\Sale\Internals\Entity;
use Bitrix\Sale\Payment;

/** Ограничение по единицам измерения
 * Class ByMeasure
 * @package Gricuk\Sale\Payment\Restrictions
 */
class ByMeasure extends \Bitrix\Sale\Services\Base\Restriction
{
    public static function onSalePaySystemRestrictionsClassNamesBuildList()
    {
        return new \Bitrix\Main\EventResult(
            \Bitrix\Main\EventResult::SUCCESS,
            array(
                self::class => '/local/php_interface/lib/Gricuk/Sale/Payment/Restrictions/ByMeasure.php',
            )
        );
    }

    public static function getClassTitle()
    {
        return 'По единицам измерения товаров в корзине';
    }

    public static function getClassDescription()
    {
        return 'Оплата будет НЕ доступна для указанных единиц измерения';
    }

    /** Выполняет проверку на наличие в массиве $measures единиц измерения, указанных в настройках ограничения
     * @param $userId
     * @param array $restrictionParams
     * @param int $serviceId
     * @return bool - true нет ограничения, единиц измерения из настроек нет у товаров в корзине.
     * false - ограничение сработало, в корзине есть товары с указанными единицами измерения
     */
    public static function check($measures, array $restrictionParams, $serviceId = 0)
    {
        if (empty($restrictionParams["MEASURES"]) || empty($measures)) {
            return true;
        }

        if (count(array_intersect($measures, $restrictionParams["MEASURES"])) > 0) {
            return false;
        } else {
            return true;
        }
    }

    /**Преобразует $entity в то что будет передано в первый параметр метода self::check
     * @param Entity $paysystem
     * @return mixed|string|null
     * @throws \Bitrix\Main\ArgumentException
     * @throws \Bitrix\Main\NotImplementedException
     */
    protected static function extractParams(Entity $entity)
    {
        $measures = [];
        if ($entity instanceof Payment) {
            $order = $entity->getOrder();
            if (!$order) {
                return $measures;
            }

            $products = [];
            /** @var \Bitrix\Sale\BasketItem $basketItem */
            foreach ($order->getBasket() as $basketItem) {
                $products[] = $basketItem->getProductId();
            }
            if (!empty($products)) {
                $measures = array_column(\Bitrix\Catalog\ProductTable::getList([
                    "select" => ["MEASURE"],
                    "filter" => [
                        "ID" => $products
                    ]
                ])->fetchAll(), "MEASURE");
            }
        }
        return array_unique($measures);
    }

    /** Возвращает массив параметров, описывающий ограничение
     * @param int $entityId
     * @return array
     */
    public static function getParamsStructure($entityId = 0)
    {
        $result = array(
            "MEASURES" => array(
                "TYPE" => "ENUM",
                'MULTIPLE' => 'Y',
                "LABEL" => "Единицы измерения",
                "OPTIONS" => self::getMeasures()
            )
        );

        return $result;
    }

    /**Возвращает массив единиц измерения
     * @return array|mixed
     * @throws \Bitrix\Main\ArgumentException
     * @throws \Bitrix\Main\ObjectPropertyException
     * @throws \Bitrix\Main\SystemException
     */
    public static function getMeasures()
    {
        static $result = null;

        if ($result !== null)
            return $result;

        $result = [];
        $dbResultList = MeasureTable::getList(array(
            'select' => array("ID", "MEASURE_TITLE"),
            'order' => array("ID" => "ASC")
        ));

        while ($measure = $dbResultList->fetch()) {
            $result[$measure["ID"]] = $measure["MEASURE_TITLE"];
        }

        return $result;
    }
}