Roundcube-Plugin-Mark-as-Junk-2
Умеет передавать на обработку письма, отмеченные за спам/не спам, складывая их в назначенную папку или вызывая для каждого внешнюю команду. Ещё несколько методов (learning drivers), которые он умеет, описаны в README.
Я лично им ещё не пользовался, но выглядит зрелым решением.
