Именно iconv-ом оно и лечится, например, для WinXP:
$svn_message = iconv('CP866', 'UTF-8', $svn_message);
Кроме этого, передаваемые команде данные тоже необходимо конвертировать в правильную кодировку.
Полный рабочий пример получения лога svn (код для mantis-а):
pastebin.mozilla-russia.org/109216