У меня было нечто подобное при использовании rt-индекса. Был включен binlog_path. По какой-то причине он постоянно увеличивался в размерах и не сбрасывался. По достижению некоторого его размера, sphinx падал.
Убрал явное определение binlog_path в конфигах, система перестала падать.
Опять же и с binlog_path все работало замечательно пока в конфиге было 3 языка поиска (англ, рус, нем). После того, как добавил еще с десяток, начались описанные выше приключения.
