Сам себе и отвечу.
В чем причина я так и не понял, решилось тем, что накатил PackageControl:
cd ST/Data/Packages
git clone https://github.com/wbond/package_control "Package Control"
upd:
Разобрался в чем дело.
Я добавил алиас на запуск саблайма с проектом из текущей папки по команде
subl .
И это по каким-то причинам не давало саблайму понимать где лежит нода.