Не могу сказать, что это подводный камень, но всё же семь раз подумайте о том, нужны ли вам joins.
Рекомендую к прочтению:
Why you should never use MongoDB.
Можете взглянуть на мой вопрос -
CouchDB: выборка map/reduce по временному промежут.... Подобные - казалось бы несложные - выборки штатными средствами базы не реализовать.
