Скорее всего слишком частое обновление данных.
Суть в том, что если вы делаете обновление записи - это относительно сложная операция.
Вместо этого можно складывать в отдельную таблицу временные данные запросами вида:
INSERT DELAYED INTO table (col) VALUES ('val');
Которые будут срабатывать мгновенно, а потом, например, с помощью cron раз в пять минут обновлять таблицу с данными и удалять временные записи.
