Это же банальная физика. Вы задали объекту скорость, вот он с ней и движется. Ему ничто не мешает. Или вводите трение или возвращайте скорость в 0 когда нужно.
Как вариант, можете попробовать записывать их в PlayerPrefs. Но, по вашему описанию, не совсем понятно когда они должны сохраняться. Между запусками уровней или между запусками самого приложения?
