Попробуй добавить intel_idle.max_cstate=1 в опции ядра. Мне помогло. Вроде как на многих Atomах процессор уходит в режим пониженного энергопотребления произваольно, это должно помочь. Ещё можно попробовать выпилить все лишние драйвера, в них может быть баг.