Создать много небольших одинаковых таблиц для вставки (например для каждого часа). В этих таблицах убрать все constraints (foreign key, indexes, ...), в них импортировать csv файлы напрямую средствами базы (load from если база умеет).
На момент вставки - понизить уровень изоляции транзакций до минимума (MyISAM раньше идеальна была для таких вставок именно из-за отсутствия транзакций).
Эти таблицы можно уже потом для выборки либо связать через view, либо через более сложные процедуры партиционирования.
Если в течение дня (ночи?) есть какие-то промежутки времени когда база используется мало - можно запустить тяжелый скрипт, который переложит данные из этих таблиц в одну большую и добавит индексы и ключи.
Вставку данных желательно делать в одной транзакции. Если через ORM - то bulk_insert.
Если все это не помогает или не нравится - то улучшайте железо (как можно больше памяти) и настройки базы тяните, но это уже от безысходности.
Учтите, что лучше писать в базу с 3 коннектов, но большими порциями, чем с 30 коннектов но маленькими. Каждый коннект - отдельная транзакция и при закрытии транзакций базе приходится ее согласовывать с остальными текущими.
