Кто-то с кафедры экономики обязательно спросит про экономический эффект, ответить придется развернуто и по теме.
Если комиссия совсем не в теме, и вы не кому отдельно не нужны, то пойдут стандартные вопросы про оригинальность, научная новизну и практическую значимость работы.
Все остальное зависит от конкретных людей: телефонисты будут спрашивать про эрланги/сигнализацию/PDH/ISDN/сравнение с каким-нибудь HiPath/интеграция с чем-то; сетевики — как это все настраивалось/протоколы/на чем работает/типичные проблемы. Особой теории, как я понял, нет, но можно пролистать конспекты по теории массового обслуживания и теории электросвязи (у нас это так называлось).
Вообще, с вопросами по защите можно приставать не только к руководителю, но и к кому угодно, от зав. кафедры до любого преподавателя у которого есть полчаса времени, плюс в деканате есть ответственный за защиту.