Короче, решение оказалось до слез простым.
php_admin_value[error_reporting] = 'E_ALL & ~E_NOTICE' содержит кавычки, но в документации было замечание, что правильно указывать этот параметр без кавычек.
Соответсвенно меняем на
php_admin_value[error_reporting] = E_ALL & ~E_NOTICE
и получаем долгожданный лог.
