f1.read() - прочтет файл разом в строку. Последующий цикл будет проходит строку.
f1 является итерируемым, можно делать примерно так
for line in f1:
match.re.search(r, line)
...
Либо читать строки через f1.readlines() в список и затем итерироваться по нему.
Я бы вам рекомендовал парсить html при помощи специализированных библиотек, например lxml или pyqyery.