Пользуюсь скриптами от вот этого прекрасного человека
veg.by/files/z/acmechal.7z
Процедура куда и что копировать в web интерфейсе хостера хорошо описана тут:
https://hflab.ru/blog/3-letsencrypt-nicru.html
По окончании процедуры проверки домена, будут сгенерированы файлы сертификатов с указанием пути сохранения.
Далее переходим в каталог /etc/letsencrypt/live/[имя домена]. Проверяем наличие ссылок на файлы:
privkey.pem - содержит приватный ключ сертификата
cert.pem - содержит сертификат сервера
chain.pem - содержит промежуточный сертификат
fullchain.pem - chain.pem и cert.pem в одном файле
В панели управления Хостингом перейти в раздел Веб-сервер — SSL-сертификаты.